论文标题：cKBET: assessing goodness of batch effect correction for single-cell RNA-seq

期刊：Frontiers of Computer Science

作者：Yameng ZHAO, Yin GUO, Limin LI

发表时间：15 Oct 2023

DOI： 10.1007/s11704-022-2111-8

微信链接：点击此处阅读微信文章

导读

单细胞 RNA 测序揭示了单个细胞的基因结构和基因表达状态，可以反映细胞间的异质性。然而，非生物因素造成的批次效应可能影响数据整合和下游分析的结果。虽然批次效应可以通过可视化进行评估，但这种评估方式实际上是主观和不准确的。在这项工作中，本文提出了一种定量方法 cKBET，同时考虑了批次和细胞类型信息。cKBET 方法通过比较不同批次、不同细胞类型的细胞的全局分数和局部分数来评估批次效应。在模拟数据和真实生物数据集上验证了该方法的性能。实验结果表明，本文的 cKBET 方法在大多数情况下优于现有的方法。因此，本文的 cKBET 方法可以检测平衡或不平衡细胞类型的批次效应，从而评估批次效应校正方法的优良性。

文章精要

Frontiers of Computer Science

Frontiers of Computer Science （FCS）是由教育部主管、高等教育出版社和北京航空航天大学共同主办、SpringerNature 公司海外发行的英文学术期刊。本刊于 2007 年创刊，双月刊，全球发行。主要刊登计算机科学领域具有创新性的综述论文、研究论文等。本刊主编为周志华教授，共同主编为熊璋教授。编委会及青年 AE 团队由国内外知名学者及优秀青年学者组成。本刊被 SCI、Ei、DBLP、INSPEC、SCOPUS 和中国科学引文数据库（CSCD）核心库等收录，为 CCF 推荐期刊；两次入选“中国科技期刊国际影响力提升计划”；入选“第4届中国国际化精品科技期刊”；入选“中国科技期刊卓越行动计划项目”。

《前沿》系列英文学术期刊

由教育部主管、高等教育出版社主办的《前沿》（Frontiers）系列英文学术期刊，于2006年正式创刊，以网络版和印刷版向全球发行。系列期刊包括基础科学、生命科学、工程技术和人文社会科学四个主题，是我国覆盖学科最广泛的英文学术期刊群，其中12种被SCI收录，其他也被A&HCI、Ei、MEDLINE或相应学科国际权威检索系统收录，具有一定的国际学术影响力。系列期刊采用在线优先出版方式，保证文章以最快速度发表。

中国学术前沿期刊网

http://journal.hep.com.cn